在临床上，一般二期或者三期的肛裂需要考虑手术治疗，也就是病史超过两个月以上的慢性肛裂或者陈旧性肛裂，需要手术治疗。
因为二期以及三期的肛裂裂口已经形成慢性溃疡，大多通过用药等保守治疗，并无法使裂口愈合，而且患者在排便时，因为便后的疼痛症状大多比较严重，如果不及时行手术治疗，有可能会造成患者因为害怕排便时疼痛而便秘。
特别是三期肛裂，由于裂口反复慢性的炎症刺激，造成肛裂附属物的形成，包括哨兵痔以及肛乳头肥大，所以绝大多数都需要通过手术治疗才能完全治愈。