子宫内膜结核一定要及时规范地治疗，主要是抗结核药物治疗，而且要早期、联合、规律、适量、全程的原则。
一般前2~3个月为强化期，4~6个月为巩固期。而且治疗的过程中一定要注意休息，要加强营养。急性子宫内膜结核患者，至少应该休息3个月。有些严重的子宫内膜结核，因为内膜破坏，有些药物治疗没有效，很多需要进行手术治疗，手术后再辅助抗结核的药物治疗。
子宫内膜结核会使子宫内膜遭到破坏，会使宫腔粘连、变形、缩小。虽然通过抗结核治疗会取得比较好的疗效，但治疗后的妊娠成功率极低，对于有生育要求的很多都需要进行辅助生殖技术助孕。