巧克力囊肿虽然是一种良性疾病，但是由于症状明显、合并症较多，所以比较严重。
属于子宫内膜异位症，囊肿会破坏卵巢功能，导致月经异常、卵巢储备功能下降，50%左右的患者会合并不孕不育，1%左右的患者会恶变。如果囊肿的体积较大，还可能破裂导致腹腔内出血、急腹症，另外大多数患者还会出现严重的痛经，对生活质量造成较大的影响。
所以确诊巧克力囊肿需要尽快治疗，以保留生育功能、缓解症状。巧克力囊肿药物治疗效果不好，不能彻底使其消失的，一般建议选择腹腔镜手术，术后需要长期随访，必要时结合口服药物防止复发。