本病是孕母在妊娠期间酗酒对胎儿所造成的永久出生缺陷，程度会按母亲喝酒的量、频率及时间所影响。
酒精会进入胎盘，并阻碍胎儿的成长及体重增加，会造成独特的脸部小斑，以及鼻子短而倒转、上颌骨扁平、双眼不对称等。
酒精破坏神经元及脑部结构，永久地对中枢神经系统破坏，并引起体质、心智或行为等问题。因为中央神经系统受损是永久的，故此疾病一般不能治愈。唯一肯定可以防止胎儿酒精综合症的方法是在妊娠期间避免喝酒。