射精后尿道疼痛在临床上少见主要是因为炎症所引起的，射精的过程中精液从精囊中通过射精管到达精阜然后与前列腺液，自尿道一起排出体外。
如果精液有炎症或者前列腺有炎症均可以导致尿道疼痛，精液出现炎症可能是因为精液本身有炎症，也可以因为精囊炎导致精液炎症。
所以平时性生活不要间隔太久，如果间隔太久导致精液储存在精囊中，导致发生感染的几率增加，对于有前列腺炎的患者要积极治疗，平时要注意多饮水，忌久坐、忌刺激性食物，保持会阴部卫生。