绝经后卵巢囊肿是否会消失，需要根据卵巢囊肿的性质而定。如果是黄体囊肿或者巧克力囊肿，因为这些类型的囊肿和女性体内雌激素和孕激素关系比较大。所以，绝经后因为卵巢分泌的雌激素和孕激素量大量减少，囊肿一般会逐渐萎缩或者消失。
但是，如果是卵巢实性囊肿，这种囊肿不受雌孕激素影响。所以，绝经后囊肿不会出现萎缩或者消失等情况。
相反，某些女性因为绝经后身体免疫功能下降，囊肿还有可能进一步增大，或者发生病理性改变等。