肠瘘手术后如果恢复的好，一般不会有什么后遗症。肠瘘术后的患者，有可能会出现以下一些后遗症：
第一，肠粘连，肠瘘的患者肠道内的肠液渗出到腹腔内，会引发腹腔出现急性感染，导致腹膜炎。手术后腹腔的感染，就会导致肠道粘连，肠粘连如果不引起肠梗阻，一般并没有什么临床症状，也不需要特殊的治疗。
第二，肠梗阻，肠瘘患者形成肠粘连后，如果肠道在蠕动的过程中卡压在粘连束带里，就有可能会导致肠梗阻。患者会出现腹痛、腹胀、恶心、呕吐等症状，需要及时去医院就诊。
第三，腹腔脓肿，由于肠瘘会导致腹腔内感染，虽然经手术后还是有可能会引发腹腔局限的感染，而导致腹腔脓肿。