肛交会影响健康。由于这种性方式会对肛管以及直肠部位，造成不同程度损伤，损伤面被大便污染，有可能会发展成肛周脓肿、窦道或者是瘘管等。反复的炎性刺激，对正常生活造成严重影响。
肛交这种性方式是艾滋疾病的常见感染方式之一，由于肛交存在损伤，艾滋病毒容易入侵而导致被感染，所以需要停止肛交性行为。一旦是肛交后伴随疼痛、出血、感染等伴随症状，需要及时就诊后，检查损伤以及感染严重程度，及时抗炎对症药物应用。
必要时，需要采血做艾滋抗体检查，以排查艾滋病的感染。