得了灰指甲最常见的危害是影响指甲的外观，灰指甲会导致指甲表面不平整，指甲的颜色会明显加深，而且指甲会变厚，严重者甚至可能会造成指甲萎缩，从而影响指甲的美观。尤其对于爱美的女性来讲，对身心健康以及社交活动会产生影响。
灰指甲可能会引发其他疾病，主要是因为灰指甲是由于受到真菌感染引发的疾病。如果长期得不到有效治疗，很可能引起体癣，严重者可能会造成全身多处感染，可能会诱发丹毒。
另外，灰指甲具有较强的传染性，如果与他人共用洗脚盆、擦脚布或穿同一双鞋子等，很可能传染给他人。