肛周湿疹如果处于急性的发作期，可以涂抹含有糖皮质激素成分的软膏，比如氢化可的松软膏。另外，在涂抹药膏之前，建议患者使用硼酸溶液，或者是稀释以后的高锰酸钾溶液，进行局部的清洗和湿敷。
如果是一些慢性的肛周的湿疹，主要就是涂抹除湿止痒膏等药物，进行对症的治疗。另外，还可以使用青鹏软膏或者是苦参凝胶等进行局部涂擦。在涂擦之前可以使用复方黄柏洗剂以及康复新液，或者是皮肤康洗液等进行外洗、湿敷，对于肛周湿疹症状的改善，都具有良好的帮助作用。
患者药物治疗同时，尽量保持肛门局部的干爽、透气。