无论糖类抗原CA199的数值升高到多少，也不能诊断癌。虽然糖类抗原CA199的升高可以发生在一些癌，比如胃癌、结肠癌、直肠癌、胰腺癌、非小细胞肺腺癌，都可以出现糖类抗原CA199明显增高。但是仍然有很多的癌糖类抗原CA199是正常的数值。
另外，在一些胃肠道的炎症和胰腺的炎症，也可以引起糖类抗原CA199增高，所以糖类抗原CA199增高对于诊断癌并没有特异性。
临床上主要是利用这个指标的动态变化来观察抗癌治疗的疗效，并且更早发现癌出现复发和转移的情况。