预防手足口病最有效的方法是接种手足口病疫苗，此疫苗为国家二类疫苗，目前还属于自费疫苗。
接种疫苗后可避免肠道病毒71型导致的重症手足口病，即便患儿仍可能会患此病，症状也会很轻微，不会对患儿造成明显损害。接种对象为6月龄以上婴幼儿，一共需接种两剂，两剂之间间隔一个月。
此外，在每年的4~9月，手足口病高发期，加强患儿的监护，少去人群密集的地方，勤洗手，多通风，必要时戴口罩隔离的方式，也能起到一定的预防效果。