宝宝脐疝主要是由于脐周组织发育不良引起，同时也会有一些诱发因素。
脐部发育异常是宝宝脐疝的根本原因，与脐部的解剖特点有关。胚胎时期，脐带能够给胎儿输送营养物质，排出胎儿的代谢产物，通过脐环将母体与胎儿连接。在宝宝出生后，脐环随即闭塞而变成纤维索，与脐带脱落后的瘢痕性皮肤相愈合，因此该部是一薄弱区。如果脐环未闭锁或过于薄弱，就会导致脐疝的发生。
脐疝的形成还与腹壁肌肉的发育有关。如果宝宝两侧腹直肌及前后鞘在脐部尚未合拢，也会导致脐疝的发生。各种诱发腹腔内压力增大的因素，包括排便、哭闹等，都是脐疝发生的诱因。