附睾炎对于男性的危害较大，当附睾的炎症侵犯睾丸的时候，可以导致睾丸感染，从而影响睾丸精子的生成及对激素的分泌，此外附睾炎还可以侵犯睾丸或影响其血瘀，导致睾丸缺血萎缩。
附睾可以储存精子和促进精子成熟，附睾炎发作时附睾内的精子质量会出现下降，附睾炎发作时会在局部有炎性渗出，待纤维化之后可以导致附睾的管腔阻塞，从而导致精液无法从附睾内输送外出。
如果双侧均患附睾炎，也都因瘢痕组织形成，导致管腔闭合，可以导致不孕不育的情况，所以附睾炎应尽早的治疗。