肛周脓肿恢复期和患者病变严重程度以及治疗方案相关。对于早期、轻症患者，可以考虑保守治疗，通过使用抗生素、调整饮食结构，来促进脓肿消退，一般需要2-3个周左右。
对于病变情况复杂，临床症状特别严重的患者，就需要及早采取手术治疗方案。手术后创面恢复，一般需要3-4个周左右，部分病变严重的患者，手术恢复时间可能还要延长1-2个周。
另外，对于病情特别复杂的患者，可能需要2期手术治疗。先1期手术做成人工肛瘘，待局部病情稳定，再2期手术处理肛瘘，所用时间还要延长一些。