尿道下裂和尿道上裂的主要区别是尿道开口位置不同。前者的尿道开口常位于阴茎腹侧，根据所发生的畸形部位，可分为龟头型、阴茎根型以及会阴型。而后者尿道上裂，其畸形尿道开口位置相反，发生于阴茎背侧。
严重的尿道上裂可伴随耻骨联合、腹壁缺损、膀胱外翻。严重的尿道下裂或是上裂，会影响正常排尿以及性功能正常发挥。如果尿道开口发育于阴茎前段，可不用手术治疗处理。
结合畸形的具体情况，必要时需要手术方式矫正阴茎外观畸形，尿道重建，恢复控尿能力以及性功能。