大多数的肉孢子虫病不能自愈。对于患有肉孢子虫病的患者，需要积极选择相应药物针对病因进行治疗，经过积极治疗后，大多数可以治愈，而且预后良好。
肉孢子虫病属于一种寄生虫感染所导致的疾病，在治疗的时候没有特效、针对性的药物，但是可以使用驱虫药物进行治疗，必要时也可以适当地使用一些激素类药物。
患有肉孢子虫病后，在日常生活当中还需要保持良好的心态，有病情变化时及时就诊。患有肉孢子虫病后如果不及时进行治疗，会对患者造成精神压力，甚至还有危及生命的风险。