急性肠系膜上静脉血栓形成后，血栓可向远、近端蔓延，在受累肠区的静脉回流完全受阻时，肠管充血水肿，浆膜下呈点状出血，逐渐扩散呈片状出血直至肠管的出血性坏死。大量血性液体从肠壁和肠系膜渗出至肠腔和腹腔，导致血容量减少、血液浓缩、心肺功能衰竭等，且静脉急性闭塞尚可反射性引起内脏动脉的痉挛和加速血栓形成，加速肠坏死过程。
静脉血栓形成多数只累及一段空肠或回肠静脉，较少造成全小肠坏死，但血栓易再形成，因此易复发，有时须行多次手术治疗。如果出现一些全腹疼痛 、全腹膜炎需要及时的就诊，防止延误病情加重等情况的发生，严重的会引起休克表现。