外生骨疣大部分患者是没有症状的，只表现为可以在局部触及到质硬的固定的包块，少部分患者会出现疼痛的症状，常见的有三方面原因：
第一个，就是外生骨疣产生病理性骨折，从而产生疼痛，一般经过一定的休养，骨折都能够愈合，因为外生骨疣是一种良性肿瘤。
其次，可以是由于导致局部组织造成挤压和压迫产生的，比如对于周围的韧带产生牵拉、磨损、挤压，产生无菌性炎症导致疼痛。再有可以对邻近的骨质产生挤压，比如胫骨的外生骨疣对腓骨造成压迫也可以产生疼痛。
第三方面，是比较少见的，外生骨疣产生恶变会产生疼痛，这个概率发生得还是非常低的，统计来看一般是考虑在1%。