小针刀疗法的副作用有以下几点：
第一，就是令局部更加肿胀疼痛。如果是做小针刀疗法的时候。除了对局部病变的组织或者是炎症性的痛点治疗之外。由于手法不正确或者操作过于暴力，同时对周围的软组织产生一定的损伤，是有可能会出现局部肿胀更加厉害，疼痛会加剧。
第二，会出现局部的刀口感染的副作用。通常都是局部没有得到严格消毒，或者是做完治疗之后，伤口沾了污水以及其它脏的东西，从而导致伤口感染，轻者会出现局部的红肿疼痛情况，严重甚至会出现局部的化脓性感染，出现有脓肿形成。
第三，有可能会导致局部的血管神经损伤的副作用。如果是损伤血管，轻者会出现局部血肿形成，如果损伤较为大的血管甚至会出现大出血。如果是颈部的小针刀疗法，损伤了椎动脉，甚至有可能会导致脑部供血不足而出现脑梗死的严重副作用。如果损伤神经，有可能会导致有肢体感觉麻木，甚至功能障碍等情况。