附睾炎治愈后不会有后遗症，该部位的常见的致病菌是大肠杆菌，给以喹诺酮类药物口服或者是静脉点滴给药，足够疗程用药即可治愈。治愈后相关的伴随症状消失，不影响性功能正常发挥，不会后遗症。
但是用药疗程不足或者是对所选择的药物不敏感，个体的自身抗病力差，有可能导致睾丸炎症状反复发生，长期慢性炎症刺激，有可能导致附睾结节，出现断续的睾丸附睾部位疼痛不适感觉。
还有可能影响性功能正常发挥，需要再次选择敏感抗生素药物足够疗程用药。