引起重症联合免疫缺陷的因素会有很多，一定要积极的寻找。
通常可以见于恶性肿瘤的患者，以及各种严重感染的人群，尤其是直接侵犯免疫系统的感染，或者长期大量应用免疫抑制剂的人群，或者接受放射治疗和化疗等因素所引起。也可能是由于自身免疫性疾病所引起，所以确切病因尚不完全清楚。
一旦发生这种病症要积极的寻找和去除诱发因素，也要治疗原发疾病，还可以应用免疫球蛋白来进行治疗，当合并有细菌或病毒、真菌等感染时，就要适当的应用抗感染药物进行治疗。