婴儿肛门有肛瘘也应该行手术治疗，6个月以上的婴儿就应该及时行手术。
以前的理论认为婴儿的肛瘘有可能会出现自愈，或者需要等到6周岁以上，等肛门局部组织发育完善以后再手术。但目前的理论认为婴儿的肛瘘6个月和6周岁手术治疗差异并不大，而且婴儿的肛瘘大多和成人一样也不会自愈，最终也需要通过手术治疗才能完全治愈。
而且婴儿的肛瘘大多为低位直瘘，瘘管和内口都非常明确，手术也很简单，术后的复发率也比较低。所以建议患者去医院就诊，找专业的肛肠科医生手术。