巧克力囊肿吃中药是缓解相应的临床症状，但是并不能使囊肿完全地消失。建议必要的时候可以考虑西医进行治疗。西医治疗巧克力囊肿，在临床上绝大部分是采用手术的方法给予治疗，主要是将囊肿给予剔除。
或者是根据病人的年龄，如果是已经进入到围绝经期的情况下，可以切除一侧卵巢。这样达到治愈的目的。
巧克力囊肿在临床上主要表现为月经期下腹部疼痛，并且出现进行性加重。通过B超检查会在附件区看到有囊肿，通过实验室检查CA-125会出现轻度的升高。另外这种疾病在临床上还会表现为不孕不育，所以建议积极治疗。