引起小便轻微疼痛感的原因之一是尿道口皮肤、黏膜破损，另一原因要考虑是尿道口以及尿道内受到大肠杆菌、支原体等病原体感染。
喜好辣椒类食物、过多量饮酒等，也可引起小便时疼痛感。损伤常发生于自慰性行为后，或者是实质性行为前，未做好足够的前戏准备、性动作粗暴等，小便时尿液对损伤创面刺激引起疼痛。
卫生护理不好、个体免疫低下、不洁性行为等容易诱发感染，尿液对炎性水肿的尿道黏膜刺激，也可引起疼痛感。燥辣刺激食物引起的上火，也可表现为小便的疼痛。