金匮肾气丸和桂附地黄丸的用药组成是不同的。金匮肾气丸是在六味地黄丸的基础上加上桂枝、附子、牛膝、车前子等中药。而桂附地黄丸是在六味地黄丸的基础上加用肉桂、附子。
金贵肾气丸和桂附地黄丸的药用功效也是不一样的。桂附地黄丸属于补益剂，能够治疗肾阴虚，也能治疗肾阳虚，可以起到阴中求阳，阴阳双补，阴阳互补的作用。金匮肾气丸仅仅是能温补肾阳、化气行水，用于肾虚水肿，主要是治疗肾阳虚的。
所以在临床上，在对患者辩证准确后在选择是用金贵肾气丸还是桂附地黄丸。如果单纯的肾阳虚就选择金匮肾气丸；如果是阴阳两虚就要选择桂附地黄丸。