NT和唐氏筛查首先是检查方式不同。NT是通过B超进行检查，而唐氏筛查是通过抽取外周血的方式进行筛查。
NT检查与唐氏筛查的检测内容不同。NT检查通过测量特定孕周下的颈项透明层的厚度，用于评估有无出现胎儿染色体的风险，还可以对于胎儿明显器官畸形，例如单腔心、无脑儿等进行判断。
唐氏筛查是通过孕妇血液中的人绒毛膜促性腺激素、雌三醇、甲胎蛋白，结合孕妇孕周、年龄、身高评估出现18-三体、21-三体和开放性脊柱裂的风险。它们都属于对胎儿畸形进行排查的范围，但是侧重点有所不同。