心脏瓣膜病的并发症很多，由于心脏瓣膜病会影响心脏瓣膜的结构和泵血功能，所以很容易引起心脏功能不全甚至心衰。
由于心脏瓣膜病可以导致心脏各个腔室的结构发生变化，进而影响到心脏的电活动功能，所以很容易引起各种类型的心律失常，其中以房颤最为常见。
由于心脏瓣膜病很容易导致心脏内附壁血栓的形成，而血栓一旦脱落就容易造成其他组织器官的栓塞性疾病。心脏瓣膜病还容易引起心内膜感染，严重的心脏瓣膜病还会由于急性心力衰竭或恶性心律失常而出现猝死。
当然，不同的心脏瓣膜病所引起的并发症也是不一样的。