肛门又疼又痒的原因比较多。首先考虑是肛裂引起，由于裂口会分泌炎性的分泌物，刺激肛门引起发痒。由于裂口没有愈合会刺激肛门括约肌出现收缩而引起疼痛，特别是排便时疼痛感会加剧。
也有可能是肛周脓肿引起。特别是脓肿破溃后，脓液流出来会刺激肛门局部皮肤，出现发痒、疼痛，还可伴有发烧。肛周湿疹也可出现上述症状，主要是因为湿疹挠破后出现感染，引起皮肤糜烂，导致肛门疼痛和发痒。
如果肠道受到感染，导致排便次数增多，粪便的细菌污染肛门的皮肤引起糜烂，也可导致疼痛发痒。