肛裂一般不会导致直肠癌，但对于一些三期的肛裂，有可能会形成皮下瘘，而皮下瘘是属于肛瘘的一种。虽然恶变的可能性很低，但理论上讲，肛瘘就有可能因为反复的炎症、流脓刺激，而导致局部组织变性甚至恶变的可能。
在临床上，对于三期的肛裂建议手术治疗，因为症状大多偏重，而且会伴有附属物的产生，比如裂口上方的肛乳头肥大以及裂口下方的哨兵痔，两者和肛裂裂口，称为肛裂三联征。
当肛裂伴有肛裂三联征时，就应该行手术治疗，所以建议患者及时行手术治疗，以免造成严重的后果。