自然流产以后要做以下检查：
首先做一下盆腔彩超检查，了解有没有子宫畸形，有没有子宫肌瘤、子宫内膜息肉、子宫内膜异位症等疾病。
需要在月经干净3~5天做一下女性激素6项检查及甲状腺功能检查。
需要做一下宫腔镜检查，了解宫腔的形态有没有异常。
同时夫妻双方需要做一下染色体检查，排除染色体异常，男方还需要化验一下精液常规。
除此之外还需要做一下免疫方面的检查，包括抗心磷脂抗体、抗核抗体、封闭抗体等检查，还需要排除一下血栓性疾病引起的自然流产，需要检查一下凝血功能、抗凝血酶Ⅲ、蛋白c、蛋白s等检查，查到病因以后才能有针对性的治疗。