孩子眼睛有黑斑，可能为生理性的因素。由于较小的孩子巩膜比较薄，透过薄弱的巩膜可以看到眼膜下方的色素膜，就会看到孩子的眼睛上存在黑斑，一般伴随孩子年龄逐渐增长，眼睛上的黑斑会逐渐自行消失，无需特殊处理。
但也可能为色素性的沉着所引起。由于孩子机体当中缺乏维生素A或本身患有结膜炎等疾病，都容易导致孩子眼睛出现黑斑，需要针对原发病对症治疗。
此外，还可能为异物色素沉着所引起，如果孩子的眼睛经常被粉尘等异物侵入，致使异物进入结膜组织，进而逐渐形成色素沉着，表现出眼睛有黑斑。