胰腺结核是良性病变，而胰腺癌是恶性肿瘤。两者可以通过组织病理学来区分。胰腺结核的发病年龄较年轻，胰腺癌的发病年龄大多超过50岁。
胰腺结核的患者在胸部X线检查时，多发现陈旧性肺结核的病灶，而胰腺癌不会出现。在B超的检查时表现也不同，结核的胰腺内是弱回声，内部回声不均，但边界比较清楚。
胰腺癌的回声是不均匀、边界不清楚的。胰腺癌在CT中可显示边界不清晰，出现增强的效用。而胰腺结核可显示局部不均质强回声，晚期可出现钙化。