肛门内的尖锐湿疣，可以通过肛门镜或者是手术的方式进行去除。
肛门内的尖锐湿疣一般是通过肛交的方式被传染，尖锐湿疣会在肛门齿状线以上生长，单纯通过光动力或者是二氧化碳激光，很难将这种病原体和皮肤表现去除干净。而做肛门镜可以直观地看到肛管内部疣体生长的情况，然后在肛门镜的辅助之下，选择电凝或者激光的方式将疣体去除掉。
除此之外，直接开放性手术将肛门患病部位的皮肤或黏膜组织整体切除掉，也可以将尖锐湿疣去除干净。