巴雷特食管和食管胃黏膜异位症不是同一种疾病，两者的区别主要表现在病因和病变性质两方面：
首先，巴雷特食管是由胃食管反流引起的，食管柱状上皮被鳞状上皮替代，巴雷特食管属于食管癌的癌前病变，建议药物控制治疗也可以采取手术治疗。
但是食管胃黏膜异位症是先天性疾病，主要是因为在胚胎发育过程中，胃的黏膜异位到食管，当胃的黏膜异位到食管入口处同时又具有泌酸功能时，就可能会引起咽喉部不适感，但并没有什么太大的危害，也不属于癌前病变。