有一颗牙齿变黑了的原因包括：
1.牙齿在发育过程中，形成釉质发育不全或矿化不良时，会在牙齿表面形成棕色的凹陷，容易吸附外源性的色素，造成牙面发黑。
2.应用银汞合金充填后牙时，随着时间延长，金属离子可能渗透到牙齿组织内部，造成牙齿染色。
3.牙冠部形成较深的龋洞时，沉积的食物残渣和软垢，会不断破坏牙体组织，形成黑褐色的腐质，与正常牙体组织产生差异。
4.牙齿形成牙髓炎或根尖周炎时，需要进行根管治疗，摘除牙髓。缺少营养供给后，牙齿会逐渐变得暗黑，失去光泽。