斑秃的病因尚不十分明确，目前普遍认为是由于遗传因素和环境因素参与的一种无痕迹性的脱发性疾病。
斑秃有一定的遗传基础，如果父母曾为斑秃患者，其子女发生斑秃的机会较其他人群明显增加。
其次，斑秃常伴发其他自身免疫性疾病，如甲状腺疾病、白癜风等，使用免疫调节剂可以治疗斑秃，而且取斑秃的皮损组织做病理活检，可以观察到有较多的淋巴细胞等炎症细胞浸润。
此外，斑秃还与精神因素有关，部分斑秃患者发病前常有精神刺激史，患者压力大，常有焦虑的情绪。