包茎手术多数是会留下疤痕的。因为常见的包茎手术是环切术或者微创手术，对包皮是有损伤的，当包皮恢复后就会留有疤痕。但是这些手术对包皮损伤较小，伤口恢复较好，所以不会留下大面积疤痕。
在术后恢复期间要避免伤口感染，因为伤口感染会引起伤口红肿、分泌物增多，容易影响伤口正常愈合，刺激伤口使包皮留有过多的疤痕。
在伤口恢复较好的情况下，所留下的疤痕，多半可以随着疤痕部位肉芽组织的生长，可以自我消除。