婴儿肛乳头肥大一般是观察为主，一般不需进行特殊治疗，婴儿的肛乳头肥大有自行退化的可能性。
另外，如果是由于长期腹泻或者是便秘刺激所引起，主要就是纠正便秘和腹泻的情况。在平时要注意保持婴儿肛门局部的清洁，特别是在排过大便之后，可以使用温水对肛门的局部进行清洗。
如果婴儿的肛乳头肥大进一步增生，甚至是形成了瘤样结构可以脱出到肛门外，刺激婴儿肛门皮肤出现不适症状，可以考虑进行切除的治疗。一般是经肛门就可以直接进行切除。