在通常情况下，如果患者感染了尼帕病毒是很难自愈的。
但是也有一种情况是比较特殊的，例如患者在感染的初期，如果感染的病毒情况相对比较轻，并没有造成周身的症状，或者没有周身的严重合并症，而且患者的年龄比较轻，没有原发基础性的疾病，这一部分人群也有可能自愈。尤其是在抵抗力较好的情况下，完全有自愈的可能性。
但是，还有一部分人群是很难自愈的，例如患者经过了较长的潜伏期以后发作，并且患者的年龄比较大，又有很多基础原发性的疾病，患者会有明显的发热，伴随着多脏器功能不全的临床症状时，则很难自愈。