小眼球不一定会导致眼球萎缩的。眼球萎缩一般是因为眼睛失明，长期之后出现废用性萎缩导致的；而小眼球只是眼球整体的结构较小，但正常还是存在视力的。所以不能够笼统地觉得眼球小就会出现萎缩。
不过需要注意的是，小眼球比较容易继发一些眼部疾病，最常见的是青光眼，这主要和小眼球本身的结构有关。当眼球小的时候，眼轴相对也会比较短，瞳孔区也很容易出现阻滞，从而导致出现青光眼。
而青光眼是一类致盲性的疾病，不早期治疗是会导致失明的，所以小眼球患者需要注意排查青光眼。