目前手术是根治乳腺囊肿的唯一途径，对于比较大的囊肿患者，或者临床症状特别明显的囊肿患者，可以考虑采取手术治疗方案根治病变，主要通过手术将囊肿切除。
对于大多数患者，由于患者临床症状不明显，对患者以及乳腺组织也不会产生什么影响，对于没有症状的患者，可以不用治疗。
当患者出现乳腺胀痛等症状后，可以根据患者病变情况以及临床症状，对症选择活血化瘀药物治疗。同时可以辅助热敷、理疗等中医治疗措施，能够促进患者症状消退。