吃双歧杆菌是有一定副作用的，特别是长期服用的人群，可能会给身体带来以下危害：
1.导致肠道的菌群失调。因为服用双歧杆菌能够调节肠道内的菌群，使肠道内的菌群达到平衡的状态，特别是患有腹泻的患者，服用后能够有效地改善腹泻的症状。但是，如果长期依靠这种药物来调节肠道的菌群，会对其产生一定的依赖，停药后便会导致菌群失调，不利于身体的健康。
2.会影响人体正常的免疫功能。如果长期依靠这种药物来预防肠道部位的某些疾病，久而久之，会使人体正常的免疫功能下降，停用后会使人体更加容易感染细菌或者病毒，增加肠胃炎等疾病的发病几率。服用这种药物的患者，在症状得到有效改善之后，可以适当地减少药量或者停用。
虽然双歧杆菌对人体有一定的好处，但是最好不要长期服用，长期服用不仅会在体内产生抗体，还会降低人体自身的抗病能力。