甲状腺癌可以分为未分化癌和分化癌。分化癌又包括了乳头状癌、滤泡状癌和髓样癌。这四种甲状腺癌中，恶性程度最高的是未分化癌。
未分化癌的治疗往往是姑息性的，预后很差。髓样癌的恶性程度仅次于未分化癌，大约有3分之2的患者，生存期可能在10年左右。
乳头状癌的预后最好，通过全甲切除，长期甲状腺激素的抑制治疗以及碘131治疗，可以降低甲状腺癌的复发率，术后的生存期常常在20年以上。
滤泡状癌的存活期介于乳头状癌和髓样癌之间，它的恶性程度比乳头状癌要高，侵袭力也要大一些，常常可能会转移到肺和骨头。