组织病理学检查能够确诊巧克力囊肿。巧克力囊肿一般在手术之前，会做妇科彩超，妇科彩超会有典型的超声影像变化。
巧克力囊肿的超声在影像学上，会发现卵巢内有一囊性肿物，囊腔内会有强回声光点，这是因为异常的子宫内膜在这个地方种植，随着月经周期发生出血脱落，从而导致囊腔内都是血液和脱落的内膜组织，所以会发现强回声光点。
一般通过妇科彩超就能够诊断，但是最后的诊断依然要依据病理诊断。因为巧克力囊肿还会有发生恶变的可能，病理检查会明确报告病理的组织属于哪类的组织，是否有恶性的病变，这样对于后续的指导治疗有很大的作用。