大部分流行性出血热患者治愈后一般不遗留后遗症，但部分合并严重并发症人群可遗留后遗症。流行性出血热所遗留的后遗症多为高血压、肾功能异常、心肌损伤、内分泌异常等情况，其与病情期间肾脏并发症，心脏并发症以及腺体损伤有关。
一般建议遗留后遗症人群，需要做好血压、血常规、心功能等相关指标监测。如存在血压升高，尿蛋白阳性等情况，需要在医生指导下进行降压以及降尿蛋白治疗。
如合并慢性心功能不全，则需要长期在日常生活中减少增加心脏负担的活动，避免诱发急性心衰发作。