孩子脑子发炎大多数是病原微生物感染引起，病毒、细菌、结核杆菌、支原体、衣原体、立克次体、真菌、寄生虫都可以通过血脑屏障引起脑炎。病毒性脑炎相对比较常见，病毒体积小容易通过血脑屏障。
其次，是细菌感染引起的化脓性脑膜炎，多发生于婴幼儿，跟血脑屏障功能弱有关系。其他病原菌感染引起的脑炎相对少见，病原微生物可以直接损伤脑细胞、脑组织出现运动、感觉、视力、听力、智力异常。
部分脑炎是变态反应引起，跟孩子免疫系统不稳定有关系，导致自身脑细胞损伤出现脑炎症状。