对于泌尿系统结核主要是同泌尿系感染、泌尿系肿瘤、泌尿系结石相鉴别，因为上述疾病均属于泌尿系统常见疾病，特别是泌尿系统感染与泌尿系统结核均会导致患者膀胱刺激症状，会有典型的尿频、尿急、尿痛等临床表现。
因此，对于泌尿系结核需要严密鉴别泌尿系感染，可以通过尿常规检查进行判断，对于泌尿系细菌感染一般在尿液检查会发现白细胞阳性，以及可能会发现有细菌感染存在，而泌尿系结核进行尿培养，有典型的结核分支杆菌，一般特异度较高，同时可以抽血检查tspot是否阳性。
与泌尿系肿瘤及泌尿系结石相鉴别，可以进行影像学检查，检查泌尿系彩超或者泌尿系增强ct，同时，在必要的情况下可以进行膀胱镜检查，膀胱镜可以发现患者是否存在膀胱结石或者膀胱内占位。