化脓性毛囊炎以抗感染治疗为主。
化脓性毛囊炎是细菌感染性疾病，治疗需要抗感染。临床多选择口服抗生素联合外用抗生素进行治疗，抗生素以革兰阳性球菌为主，外用抗生素治疗可以选择莫匹罗星乳膏、复方多粘菌素、夫西地酸乳膏等适量外涂。如果皮肤破溃伴渗出多选用具有抗感染作用的呋喃西林或者依沙吖啶溶液湿敷。
除了外用药膏抗感染治疗外也可以选择光疗治疗，多配合红光照射，经过约一周的抗感染治疗，化脓性毛囊炎多可治愈。在疗效不佳的情况下，需要取局部的分泌物做细菌培养，根据药敏试验结果选择敏感的抗生素。