肛门痒有小疙瘩和以下原因有关：
一、要先排除是否存在外痔，如果是外痔就会有这样的症状发生，主要和久坐、不良的排便习惯以及饮食习惯有关，患者还会有疼痛的症状表现。
二、肛周脓肿也会有这样的症状，主要是因为受到细菌感染或是真菌感染后，导致发生化脓性、感染性疾病而引起的。
三、患有尖锐湿疣的患者，肛门周围会有小丘疹，并且伴有瘙痒感，具有较强的感染性，大多通过性生活进行传播。
四、肛门湿疹也会有肛门痒、长小疙瘩的现象，主要是肛门经常处于潮湿状态引起的，属于皮肤类疾病。